Cüdeyde Höyüğü'nde yapılan kazılarda MÖ 4500 – M.S. 600 yılları arasını kapsayan 17 tabaka (kültür katı) bulunmuştur.

932 yılında M. Claude Prost tarafından tespit edilmiş; gezgin bir prehistoryacı olan T.P. O'Brien yönetiminde; Suriye Araştırmaları'nın mali desteğinde mağaranın içinde sondaj niteliğini geçmeyen küçük bir kazı yapılmıştır. Kazıda 48 metrekarelik bir alan açılabilmiş ve 2 m derine kadar inilmiştir. Ana kayaya erişilip erişilemediği de belirtilmemektedir.

Mağaranın içinde yerleşmenin olduğu; küçük buluntuların yanısıra; yaşam tabanlarının varlığından da anlaşılmaktadır. Bu tabanlara göre 4 tabakanın varlığından sözedilmektedir. Yüzeyden 166 cm derinde olan 4. tabaka; bulgulara göre; Çanak Çömlekli Neolitik Çağ'a tarihlenmektedir.